#include "../GenotypeToPhenotypeStrategy.h"
#include "../../../../processor/Settings.h"
#include <cmath>

void InOutBreedingGenotypeToPhenotypeStrategy::calculatePhenotype(Individual* individ){
	Genotype* genotype = individ->genotype;
	Phenotype* phenotype = individ->phenotype;
	InnerSubstratesPool* substrates = individ->substrateCache;

	// Chromosome 1
	Chromosome chr1F = individ->genotype->getFatherGenome().getChromosome(0);
	Chromosome chr1M = individ->genotype->getMotherGenome().getChromosome(0);

	const std::vector<Gene>& genesF = chr1F.getGenesAsVector();
	const std::vector<Gene>& genesM = chr1M.getGenesAsVector();

	// Коадаптивные аллели
	float a1 = genesF.at(0).getGeneValueCont();
	float a2 = genesM.at(0).getGeneValueCont();

	float b1 = genesF.at(1).getGeneValueCont();
	float b2 = genesM.at(1).getGeneValueCont();
	// (END) Коадаптивные аллели

	// Аллели болезни
	std::vector<float> diseaseAllelesF(4);
	std::vector<float> diseaseAllelesM(4);

	for(unsigned int i = 0; i < diseaseAllelesF.size(); i++){
		diseaseAllelesF.at(i) = genesF.at(i+2).getGeneValueCont();
		diseaseAllelesM.at(i) = genesM.at(i+2).getGeneValueCont();
	}
	// (END) Аллели болезни


	// Комбинаторика
	float trait1 = 0, trait2 = 0;
	float a, b;

	// 1) Коадаптивные гены
	
	if(Settings::CoadaptiveGenesInteraction == "onechromosome"){
		// 1.1 Работают гены с одной только хромосомы
		a = a1;
		b = b1;
	}
	else if(Settings::CoadaptiveGenesInteraction == "mean"){
		// 1.2 Среднее проявление признака
		a = 0.5f*(a1+a2);
		b = 0.5f*(b1+b2);
	}
	else{ // Settings::CoadaptiveGenesInteraction == "maxmodule"
		// 1.3 Максимум модуля
		a = std::fabs(a1) >= std::fabs(a2) ? a1 : a2;
		b = std::fabs(b1) >= std::fabs(b2) ? b1 : b2;
	}

	// Признак 1
	trait1 = std::max(a*b - (fabs(a*a*a) + fabs(b*b*b))/20, 0.0f);
	//trait1 = std::max(a*b - (a*a*a*a + b*b*b*b)/250, 0.0f);
	
	// 2) Гены болезни
	if(Settings::DiseaseGenesInteraction == "add1"){
		// 2.1а Аддитивно
		float sum1 = 0.0f, sum2 = 0.0f;
		for(unsigned int i = 0; i < diseaseAllelesF.size(); i++){
			sum1 += diseaseAllelesF.at(i);
			sum2 += diseaseAllelesM.at(i);
		}
		trait2 = std::max(sum1,sum2);
	}
	else if(Settings::DiseaseGenesInteraction == "addmax"){
		// 2.1б Аддитивно (альт)
		for(unsigned int i = 0; i < diseaseAllelesF.size(); i++){
			trait2 += std::max(diseaseAllelesF.at(i), diseaseAllelesM.at(i));
		}
	}
	else if(Settings::DiseaseGenesInteraction == "mult"){
		// 2.2 Мультипликативно
		for(unsigned int i = 0; i < diseaseAllelesF.size(); i++){
			trait2 *= std::max(diseaseAllelesF.at(i), diseaseAllelesM.at(i));
		}
	}
	else if(Settings::DiseaseGenesInteraction == "meanadd"){
		// 2.3а Среднее значение (аддитивно)
		for(unsigned int i = 0; i < diseaseAllelesF.size(); i++){
			trait2 += diseaseAllelesF.at(i) + diseaseAllelesM.at(i);
		}
		trait2 /= 2.0f;
	}
	else{// if(Settings::DiseaseGenesInteraction == "meanmult"){
		// 2.3б Среднее значение (мультипликативно)
		for(unsigned int i = 0; i < diseaseAllelesF.size(); i++){
			trait2 *= (diseaseAllelesF.at(i) + diseaseAllelesM.at(i))/2;
		}
	}

	// Признаки передаются в фенотип
	phenotype->traitsMap["coadaptive"].setTraitValue(trait1);
	phenotype->traitsMap["disease"].setTraitValue(trait2);
}