#include "ChromosomeRearrangementStrategy.h"
#include <cstdlib>
#include <ctime>

HaploidGenotype ChromosomeRearrangementStrategy::buildRecombinantGenotype(const Genotype* parentGenotype){
	std::vector<Chromosome> chromosomes;
	const std::vector<Chromosome>* fGenome = &parentGenotype->fatherGenome.chromosomes;
	const std::vector<Chromosome>* mGenome = &parentGenotype->motherGenome.chromosomes;

	//srand((unsigned int)time(NULL));
	for (unsigned int i = 0; i < fGenome->size(); i++){
		int flag = rand() % 2;
		const std::vector<Gene>* first;
		const std::vector<Gene>* second;
		if(flag == 0){
			first = &fGenome->at(i).genes;
			second= &mGenome->at(i).genes;
		}
		else{
			first = &mGenome->at(i).genes;
			second= &fGenome->at(i).genes;
		}
		Chromosome childChromosome(fGenome->at(i).name, *first);
		// Для каждой хромосомы выбираем свою "точку перегиба"
		int bound = rand() % first->size();
		for(unsigned int j = bound; j < first->size(); j++){
			childChromosome.genes.at(j) = second->at(j);
		}
		chromosomes.push_back(childChromosome);
		
	}
	// Тут также можно учесть, что могут быть негомологичные хромосомы (напр. Х и У),
	// которые будут наследоваться, определяя пол особи по геному 

	return HaploidGenotype(chromosomes);
}

HaploidGenotype ChromosomeRearrangementStrategy::
buildRecombinantGenotype(const HaploidGenotype& fatherGenome, const HaploidGenotype& motherGenome){
	std::vector<Chromosome> chromosomes;
	const std::vector<Chromosome> fGenome = fatherGenome.chromosomes;
	const std::vector<Chromosome> mGenome = motherGenome.chromosomes;

	//srand((unsigned int)time(NULL));
	for (unsigned int i = 0; i < fGenome.size(); i++){
		int flag = rand() % 2;
		std::vector<Gene> first;
		std::vector<Gene> second;
		if(flag == 0){
			first = fGenome.at(i).genes;
			second= mGenome.at(i).genes;
		}
		else{
			first = mGenome.at(i).genes;
			second= fGenome.at(i).genes;
		}
		Chromosome childChromosome(fGenome.at(i).name, first);
		// Для каждой хромосомы выбираем свою "точку перегиба"
		int bound = rand() % first.size();
		for(unsigned int j = bound; j < first.size(); j++){
			childChromosome.genes.at(j) = second.at(j);
		}
		chromosomes.push_back(childChromosome);
		
	}
	// Тут также можно учесть, что могут быть негомологичные хромосомы (напр. Х и У),
	// которые будут наследоваться, определяя пол особи по геному 

	return HaploidGenotype(chromosomes);
}

ChromosomeRearrangementStrategy* RecombinationStrategies::getInstance(std::string _name){
	return new ChromosomeRearrangementStrategy();
}